Durante el periodo del gobierno de José Miguel Carrera y por sugerencia suya, se decretó la creación de una bandera nacional, la primera que tuvo el país, y una escarapela. Ambas como distintivo para los patriotas. El 30 de septiembre de 1812, el escudo y la bandera de la Patria Vieja fueron adoptados con solemnidad.

Para Camilo Henríquez, el pabellón representaba los tres poderes del Estado: Majestad, Ley y Fuerza. Sin embargo, esta bandera no sobrevivió a la Patria Vieja y en mayo de 1814, a raíz de la firma del Tratado de Lircay, el Director Supremo, Coronel Francisco de la Lastra, enemigo de Carrera, la mandó a retirar y reemplazar de nuevo por la bandera española.
Se usó por última vez en la glorioso batalla de Rancagua, el 1 y 2 de octubre de 1814, que dio inicio a la Reconquista, período durante el cual Chile no tuvo bandera propia.

Después del triunfo de Chacabuco, el 18 de octubre de 1817, fue adoptado un nuevo pabellón, llamado bandera de la transición, cuyo diseño se atribuye a Juan Gregorio Las Heras.

Tenía tres franjas, de colores azul, blanco y rojo, este último en reemplazo del amarillo de la bandera de 1812, los que tendrían su origen en los versos de Alonso de Ercilla que dicen: "por los pechos, al sesgo, atravesadas, bandas azules, blancas y encargadas", atribuidas como divisa guerrera a los mapuches durante la Conquista.

En cuanto a lo que cada color representa, el rojo simboliza la sangre vertida por nuestros héroes en el campo de batalla; el blanco, la nieve de la cordillera de los Andes, y el azul, el limpio cielo chileno

La Bandera actual fue concebida por el ministro José Ignacio Zenteno y diseñada por Antonio Arcos, militar español, aunque algunos sostienen que fue Gregorio de Andía y Varela quien la dibujó.

Fue legalizada por el decreto ley del 18 de octubre de 1817, durante el gobierno de Bernardo O'Higgins, firmado por el ministro de Guerra, coronel José Ignacio Zenteno. Fue esta bandera la que se utilizó el 12 de febrero de 1818 en el juramento de la Independencia de Chile. Oficializada por el Decreto Supremo N° 1.534, del Ministerio del Interior, que establece que nuestros emblemas ,l Escudo de Armas de la República, la Bandera Nacional, la Escarapela o cucarada y el Estandarte Presidencial o Bandera Nacional Presidencial y la Constitución Política de la República de Chile..
En 1854 se fijó la proporción que debían guardar entre sí los colores de la bandera y en 1912 se estableció el diámetro de la estrella. Ese año se determinó también la precedencia de los colores en la banda presidencial y en las cintas de las condecoraciones, fijándola en azul, blanco y rojo, de arriba abajo o de izquierda a derecha del espectador.